FTP transmet les identifiants et les fichiers en clair sur le réseau, ce qui les rend facilement interceptables par un attaquant.
Il ne chiffre ni les données ni les commandes, contrairement à SFTP qui sécurise tout le canal via SSH.
De plus, FTP est souvent bloqué ou limité par les pare-feux modernes à cause de ses faiblesses de sécurité.